世界从混沌开始，之后诞生了一，一成十，十成百，可谓是天之道。强行将世界变成一只是暂时的不稳定状态，也只会加速世界变成一百。就如Zero想要利用Patriot控制人的意识形态，让世界变成一的状态，按照自己的意志运行。但是不久Patriot就不受控制了，借助战争经济不断的传播增殖自己，这时候的Patriot超越了Al也不再代表Zero，而是成为了像癌细胞一样的存在。那么结果就是被Foxalive病毒干掉。
MGS借助病毒突变，癌细胞，AI失控，表达是一种生命诞生进化的过程，这是突变的，新的事物代替旧的事物的一种过程。
Big Boss和Zero都继承了the Boss的意志，却走向了两条不同的道路。Big Boss创立Outer Heaven，想要成为完美的抑止力达成世界和平。追求的那种不被国界，世俗规范和时代束缚的自由，注定无法实现，正如《1984》中的名句：自由即奴役。在现代社会中，人么为了获得相应的权利必然要渡让一部分自由。
Zero和Big Boss之间的争斗没有胜者，可能如BB所说，最好的方式就是respect the will of others and believe in your own。至于对错，全交给历史去判断吧。
此时，工具人Solid Snake终于自由了，然而留给他的时间也不多了。
