在与世隔绝的阿兰尼姆岛上，查尔斯矿业公司的工人从地下遗迹中挖出了三颗神秘的怪物蛋，也意外唤醒了一只沉睡已久的恐怖生物。它拥有蒸汽火车般的身体，却长着八条巨大的蜘蛛腿，能够脱离铁轨在森林和矿区中自由爬行。每当远处传来刺耳的汽笛声，就意味着名为查尔斯的蜘蛛火车已经发现了新的猎物。
受老人尤金邀请，一名经验丰富的怪物猎人来到岛上，准备驾驶经过武装改造的黄色火车，与查尔斯展开正面对抗。然而尤金很快便死在怪物手中，主角只能独自寻找幸存者，收集废料强化火车，并潜入沃伦·查尔斯三世控制的矿井，夺取绿色、蓝色和红色三颗怪物蛋。随着调查深入，主角发现岛上的敌人不只有查尔斯，还有一群奉命看守矿井的蒙面武装人员。有人认为沃伦想利用怪物蛋制造蜘蛛火车军队，也有人相信他是在阻止更严重的灾难发生。
为了彻底杀死查尔斯，主角必须将三颗怪物蛋放入古代神殿的棱镜装置，主动释放其中的力量。可这样做也会让查尔斯吸收怪物蛋的能量，进化成更加强大的地狱查尔斯。主角能否驾驶火车将它引向布满炸药的大桥？查尔斯究竟是远古怪物，还是某种生物与矿业火车结合后的产物？而游戏结尾地下洞穴中出现的大量怪物蛋，又是否意味着下一场灾难即将到来？本期视频将完整解说《查尔斯小火车》的主要剧情、岛民支线、人物关系、沃伦的真实目的，以及最终结局隐藏的恐怖伏笔。
