《海绵宝宝历险记》是2004年上映的海绵宝宝首部大电影，由动画原创者史蒂芬·海伦伯格亲自执导，延续了剧集轻松搞笑的风格，同时讲述一场横跨海底与陆地的惊险冒险，核心是童真、友谊与勇气的故事。
故事发生在宁静欢乐的比奇堡海底世界。蟹老板筹备已久的蟹堡王二号分店马上就要开业，海绵宝宝满心欢喜，笃定兢兢业业的自己一定会被任命为分店经理。他早早准备好就职感言，激动地畅想当上店长后的生活。可结果公布时，蟹老板却以海绵宝宝“不够成熟、还是个孩子”为由，把经理职位交给了冷静稳重的章鱼哥。梦想落空的海绵宝宝备受打击，内心十分沮丧，他觉得所有人都把他当成长不大的小孩，不认可他的能力。伤心的海绵宝宝找到好朋友派大星，两人结伴出门散心。
就在海绵宝宝失落的时候，一直觊觎蟹黄堡秘方的反派痞老板，酝酿出一场巨大的阴谋。痞老板多年来一直想打败蟹老板，得到蟹黄堡的独家配方，称霸整个比奇堡。这一次，他不再是小打小闹，策划了一场嫁祸之计：偷偷潜入海王星国王的宫殿，偷走国王珍贵的王冠，再将所有嫌疑指向蟹老板。王冠失窃，暴怒的海王星国王带着手下降临蟹堡王，认定是蟹老板偷走王冠，直接宣判蟹老板死刑。危急关头，海绵宝宝挺身而出，主动为蟹老板求情。海王星国王被海绵宝宝的诚意打动，给出最后的期限：六天之内，前往传说中危机四伏、几乎没有人活着回来的贝壳城取回王冠，否则依旧处死蟹老板。而贝壳城远在陆地，由可怕的独眼巨人看守，是海底居民口中的死亡之地。
为拯救蟹老板，也为证明自己并不是不成熟的小孩子，海绵宝宝和派大星毅然踏上前往贝壳城的冒险旅途。他们开着汉堡造型的跑车，带上零食，向着未知的远方出发。一路上险境重重，两人闹出无数啼笑皆非的故事。他们穿过荒凉的海底荒漠，在硬汉酒吧被凶狠的黑道海生物刁难，数次险些丢掉性命；一路上不断有人嘲笑他们幼稚，劝他们放弃这场不可能完成的任务。无数次遭遇挫折，海绵宝宝也曾陷入自我怀疑，可每一次，他和派大星都靠着彼此的友谊、乐观的心态化险为夷，坚持朝着目的地前进。
与此同时，比奇堡正在落入痞老板的掌控之中。痞老板趁着国王外出、大家注意力都放在寻回王冠这件事上，顺利偷走了蟹黄堡秘方。他接手蟹堡王，大量售卖蟹黄堡，还给前来就餐的居民分发思想控制头盔。戴上头盔的比奇堡居民全部被痞老板洗脑，失去自主意识，乖乖听从他的命令。短短几天，曾经热闹快乐的比奇堡沦为痞老板的领地，小镇彻底被黑暗统治。章鱼哥察觉到不对劲，试图反抗痞老板，却也被抓住戴上头盔控制起来。整个比奇堡所有人都被操控，静静等待六天期限结束，等着海王星国王处决蟹老板。
另一边，海绵宝宝与派大星终于抵达陆地的贝壳城，可他们才发现传说中的独眼巨人其实是海边纪念品商店的人类店主，贝壳城就是这家商店。而海王星国王的王冠，只是摆在货架上的一件装饰品。两人好不容易拿到王冠，却被独眼巨人发现，将他们晒成风干的海洋标本，困在橱窗里。陷入绝境的海绵宝宝没有放弃，他和派大星互相鼓励，流下的泪水滴落在干枯的身体上，奇迹般恢复水分，成功挣脱束缚。
拿到王冠的二人紧急赶回比奇堡，可此时期限马上就要结束，海王星国王已经准备动手处决蟹老板。痞老板带着被洗脑的居民拦住海绵宝宝，试图阻止他拯救蟹老板。危急时刻，海绵宝宝不再依靠幼稚的玩笑，用发自内心的歌声打动了被头盔控制的比奇堡居民，摘下了大家的洗脑头盔。痞老板的阴谋彻底败露，被海王星国王收服。
蟹老板洗清冤屈，海王星国王也认可了海绵宝宝的勇气与担当。蟹老板终于明白，成熟并不代表丢掉童心，他兑现承诺，任命海绵宝宝成为蟹堡王二号店的经理。冒险落幕，比奇堡重回往日的欢声笑语。
整部电影看似无厘头搞笑，实则讲述了一个动人的道理：成熟不等于抛弃童真，天真与热忱从来都不是缺点。海绵宝宝和派大星用孩童般的执着，完成了成年人都不敢挑战的任务，证明最强大的力量，是永不熄灭的乐观与真挚的友情。
