如图,就是一副组学研究中热图的常用绘制模式,每个小方格表示每个基因在不同样本中的定量值,其颜色表示该基因表达量大小,红色为高表达,蓝色为低表达。
列名称:通常为样本名称。
行名称:通常为基因名称。
图例信息:左侧图例表示热图表达量的颜色说明,右侧图例展示分组信息。热图绘制过程中通常会进行Z-score归一化处理,因此图例数据显示为0左右对称分布,这表示已进行Z-score标准化。
列聚类:如果不进行聚类,列的排序将保持原始数据的顺序。通过聚类可以判断不同组别的样本是否被正确分组。理论上,来自同一组的样本应该表现出相似的特征。如果某样本被错误地聚类到其他组,可能意味着该样本在变异度上较大,或者在样本采集或测序等过程中存在问题。
行聚类:如果不进行聚类,行的排序将保持原始数据的顺序。聚类分析可以帮助识别具有一致表达模式的基因群体。
列分组信息:展示样本的分组标签,通常用于标明不同条件或类别的样本。
行分组信息:展示基因的分组信息,通常用于表示基因的功能类别或其他分类信息。
如何绘制热图:BioLadder 是一个生物信息在线分析绘图平台,我们只需要上传数据,系统自动生成图表,不需要写代码,适合0代码基础的同学。
附R语言代码绘制热图