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step2.口腔菌群数据添加RSID(通过chr 和 pos生成 rsid)染色体坐标换成rs号

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2026-10-03 08:48:37
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孟德尔随机化和 LD 参考面板认的是 rs 号,这份摘要统计只给了染色体和位置。这一步用 SNPlocs 里的 dbSNP155,把 chr:pos 映射成 rsid。脚本按染色体切块,在 Windows 上用多进程去查。SNPlocs 很占内存,进程不要开太满。查完一条染色体就写断点,中断以后可以从上次的染色体接着跑。SNV 对得上的换成 rs 号,indel 不在这个库里,继续保留原来的坐标。等位基因按 IUPAC 和正反链匹配,避免把 A/G 跟互补链上的 T/C 当成两个不同位点。舌苔和唾液要分开跑,两边的 pheno.101 不是同一种菌。输出仍是 gzip 压缩表,位点列还叫 SNP,P 值还叫 p。跑完得到的,是可以拿去剪切的暴露文件。
生信私学创始人,擅长生信挖掘,孟德尔随机化分析等,指导发表300余篇SCI发表。
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简介
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