本作的特色系统在战斗模式上，《拳皇2003》依然继承了三对三的组队模式，不过对战模式发生了变化，三名队员同时上场，玩家们可以看到画面中体现的是三排血槽，可是对战时间依然还是60秒，第一位队员被击败后，下一个队员会立即登场，直到击败对方三名队员，或者是时间结束。不过当能量槽出现CHANGE OK时可以变换出场队友，CD换上一名队友，BC换下一名队友，至此KOF系列通用的CD超重击被取消。换而代之的是消耗CHANGE OK和能量槽的超重击，可以破坏对手的防御，令对手产生硬直时间，并受到己方另一位队员的登场攻击。连续技方面也发生了变化，并增加了队长必杀技这一设定。
