视频内容概述:
空间视图:左键旋转,右键平移,滚动缩放,双重置视图。
可以通过悬停在原子或键上获取有关残基编号、原子编号等信息- 动画窗口:播放轨迹、调整速度、选择插值模式。
可以通过按钮暂停也可以在空间视图中按空格键启动和停止轨迹。
脚本编辑器:评估属性,可化在不同窗口中。
通过单击“评估”按钮或使用快捷键Shift-Enter来评估。
时间线:拖放属性,多个子图,可视化分布。
可以将属性拖放到时间或分布窗口中进行可视化。
形状空间窗口:呈现系统变形的时间散点图。
投影到三个极端,线性、平面和各向同性
viamd软件主页下载地址:https://github.com/scanberg/viamd?tab=readme-ov-file
viamd原视频地址:https://www.youtube.com/playlist?list=PLNx9MpJY8ffr9CeK7WefdOnuGRw_E5rSj
viamd论文:VIAMD: a Software for Visual Interactive Analysis of Molecular Dynamics Robin Skånberg, Ingrid Hotz, Anders Ynnerman, and Mathieu Linares Journal of Chemical Information and Modeling 2023 63 (23), 7382-7391: https://doi.org/10.1021/acs.jcim.3c01033