《魔法少女奈叶StrikerS》的主线是JS事件，是由圣遗晶石为开端，到圣王摇篮结束的大事件。
在时空管理局背景的米德世界观下，魔炮三巨头奈叶、菲特和疾风都已成长后的姿态再次登场。
在八神疾风成立的机动六课活跃下，奈叶、菲特一行不仅成功解决JS事件，也直接培养了星辰分队、雷光分队的四位成员—中岛昴、蒂安娜·兰斯特、凯珞·露·露茜和艾力奥·曼迪尔。
而作为圣王后裔的薇薇欧，则在JS事件后，作为《魔法少女奈叶ViVid》的主角再次登场。
至于被腰斩的《魔法战记奈叶Force》漫画，则是在延续《魔法少女奈叶StrikerS》世界观下的又一部作品。
最后，JS事件后，更诞生了奈叶家、中岛家这两大家族。至此，魔法少女奈叶系列的四大家族均已聚齐。
视频第一部分是奈叶和菲特最终战出征前的撞拳，这两人的初次通力协作也是魔法少女奈叶系列世界观拓展的初始。
而随后奈叶的一席心声直接道出魔法少女奈叶系列的主轴：爱、勇气和奋斗。
这一切，则是魔法少女奈叶系列主线角色奋斗至今的源泉所在。
奈叶凭此，为拯救薇薇欧而击败最后一台控制圣王摇篮的战斗机人-柯瓦特罗，这是视频第二部分的内容。
菲特接受凯珞和艾力奥的鼓舞，重新振作，击败战斗机人-托瑞和塞缇，随后并逮捕JS事件的主谋，这是视频第三和第四部分的内容。
八神疾风在某次行动中，为逮捕两个战斗机人而释放出大招，这是视频第五部分的内容。
在维塔破坏圣王摇篮动力炉后，八神疾风和琳芙斯II及时赶来救助，这是视频第六部分的内容。
奈叶、菲特培养起来的星辰分队、雷光分队也在最终战时不负众望。
中岛昴成功击败并救回银河中岛，这是视频第七部分的内容。
蒂安娜在受伤的情况下，奇迹般地以一敌三，并克敌制胜，这是视频第八部分的内容。
为了防止璐缇希雅·阿尔菲诺召唤兽的暴走，凯珞召唤了巨龙伏尔泰，而艾力奥则尽力阻止了牙龙的暴走，这是视频第九和第十部分的内容。
而视频的最后部分，则是《魔法少女奈叶StrikerS》的最终话ED。
在机动六科最终模拟战的开启下，机动六科的成员随后便各奔东西。
在最终别离樱花树的花雨下，魔法少女奈叶系列也开启了新的纪元......
